厦门大学环境与生态学院于2011年3月成立，是在原海洋与环境学院的环境学科和生命科学学院的生态学科基础上组建而成。环境学科可追溯至成立于1982年的环境科学研究所，生态学科可追溯至1922年陈嘉庚先生亲自设立的植物学和动物学两科。学院现设环境科学系、生态学系、环境与生态工程系，拥有环境科学与工程、生态学两个一级学科博士点和博士后流动站，形成本、硕、博与博后完整人才培养体系。环境科学是国家重点学科，生态学、环境科学与工程是福建省重点学科。环境科学在2008年全国学科评估中名列第九;生态学在2012年全国学科评估中名列第十。根据“Web of Science”ESI(Essential Science Indicators)统计，从2012年开始，学校环境与生态学科进入该学科领域研究机构全球排名前1%。 2017年9月21日，教育部、科技部、国家发改委联合发布了世界一流大学一流学科(简称“双一流”)建设高校及建设学科名单，厦门大学入选36所A类一流大学建设高校，环境与生态学院生态学及与海洋与地球学院共建的海洋科学，与化学、生物学和统计学5个学科入选“双一流”建设学科名单。 该学科群拥有1个国家级科研平台(近海海洋环境科学国家重点实验室【与海洋与地球学院共建】)，4个省部级科研平台(滨海湿地生态系统教育部重点实验室、福建省海陆界面生态环境重点实验室、福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心、福建省水环境健康与安全协同创新中心)，以及3个校级多学科交叉研究平台(海洋与海岸带发展研究院、环境科学研究中心、环境影响评价中心)，并拥有国家环保部颁发的甲级环境影响评价证书。同时，学院结合专业优势和特色，成立了公共仪器平台管理中心、生态文明培训中心、环境安全与生态健康检测中心、对外合作与交流中心、近海环境化学与毒理研究中心等院级研究和应用平台。
学院以培养开拓、创新、国际型本硕博、博后人才为中心，为环境美好、生态文明提供广泛社会服务;以滨海湿地、海岸带、流域的环境、生态及科学管理研究为重点，为保护与修复、合理利用、防灾减灾服务。特别是在研究方面，瞄准全球变化和人类活动等多重压力下近海-流域与湿地生态系统演变机制的重大科学前沿，同时针对国家与地方对近海-流域-湿地生态安全和防灾减灾的重大需求。该学科群(环境与生态学科)以亚热带水域生态系统(流域-河口-近海)和滨海湿地生态系统为主要研究对象，主攻水域和湿地生态系统与环境演变过程与机理及其生态环境效应，建立生态系统水平的海陆统筹管理的理论体系，同时大力发展环境工程、生态工程和环境评价等相关应用类学科的发展。
学院拥有建筑面积为2万平方米的大楼，为学院的科学发展和人才培养提供了良好的教学科研条件和发展空间。
