本世纪五十年代中期，中国科学院组织的新疆综合科学考察，为了认识了解新疆生态环境，开发利用新疆的自然资源，奠定了重要基础。
1961年，在新疆综合考察基础上, 建立了新疆阜康荒漠生态国家野外科学观测研究站，进一步深入开展了对以新疆为代内 陆干旱区资源、环境、生态的研究，陆续建立了莫索湾治沙站、莎车治沙站、新和土壤 改良试验站、十户滩土壤改良试验站、巴音布鲁克草原试验站、吐鲁番沙漠研究站和策 勒沙漠研究站等定位研究站。经过科技人员多年努力，这些站已经积累了大量科学资料， 取得了一系列重要成果，为发展当地的农牧业生产，改善环境，并为发展生态学做出了重要贡献。
1978年，为响应国际生物学计划(IBP)和人与生物圈计划，中国科学院制定了“陆 地生态系统研究计划”，随后建立了一些森林和草原生态系统定位研究站。而作为我国五大生态类型之一的荒漠生态系统研究相对薄弱。1979年，著名生态学家阳含熙和陈昌笃教授，应新疆阜康荒漠生态国家野外科学观测研究站之邀，前来新疆进行考察，为荒漠生态系统研究站选址。1983年中国科学院生物学部在制定生物学科发展规划时，明确要求对干旱区生态站的建立进行积极的选点筹备。之后，新疆阜康荒漠生态国家野外科学观测研究站多次组织所内外专家对生态站的地址进行考察和论证，并得到中科院、院各专业局、新疆分院领导的关心和重视。根据原中国科学院副院长孙鸿烈院士的建议和新疆阜康荒漠生态国家野外科学观测研究站的申请，1987年3月，中国科学院正式批准在新疆阜康建立荒漠生态系统观测试验站(以下简称阜康站)，以完善我国生态研究和观测网点的布局。
1989年院建立“中国生态系统研究网络(CERN)”，阜康站被纳入网络内。
1992年，通过专家评审，阜康站又被列为CERN重点试验站之一。
1997年，通过专家评审，阜康站正式成为中国科学院在新疆唯一的一个开放站。
2000年，阜康站经过审核又成为国家重点野外试验站试点站。
2005年，阜康站经过审核又成为国家重点野外试验站。
