黑龙江省科学院自然与生态研究所始建于1978年，是省属公益一类科研单位。多年来，研究所紧紧围绕黑龙江省社会发展的中心任务，面向科技自主创新的前沿，面向政府决策和公益事业发展的战略需求，立足于黑红将省丰富的自然资源和生态环境，以自主创新为核心，以政府决策和公益事业发展为服务目标，重点在湿地生态、生物多样性、环境生态恢复、全球变化与碳排放、火山植被生态演化、植物营养与土壤化学、园林植物种质资源研究、动植物资源保护与管理、国土资源规划、数字资源与数字生态、区域可持续发展等领域开展科学研究。
自然与生态研究所现有职工116人，其中高级职称35人，博士后10人，博士20人，硕士60人。设有生态环境研究中心、生物资源研究中心和区域发展研究中心等3个科研中心以及综合办、科技科、条财科、人事科、计划与发展办公室等职能科室。拥有联合国教科文组织自然与文化遗产空间技术中心哈尔滨分中心、湿地与生态保育国家地方联合工程实验室，国家博士后科研工作站，湿地与恢复生态学省重点实验室、黑龙江省特色动植物利用工程中心，省花卉中试基地，省林下经济协同创新中心、省科学院生物多样性重点实验室、自然资源信息库等科研平台，以及中国寒温带森林生物多样性、大兴安岭伊勒呼里山国家森林生态、火山植物进化与植被演替、三江平原湿地生态、三江平原湿地多样性、松嫩平原湿地生态等定位研究站及《国土与自然资源研究》杂志。初步形成了从国家到地方，有梯度、有层次、多学科交叉的综合科研体系。多年来,共取得科研成果500余项，获国家、省级等科技奖励50余项。长期与中国科学院、俄罗斯、日本等国内外学术单位开展科技合作与学术交流。
面向未来，自然与生态所以" 开放联合、协同创新" 为方针，以" 顶层设计，创新发展" 为核心，以" 创新团队和科技平台" 为依托，深入实施大项目战略和特色品牌建设战略，努力实现" 科研国际化、成果社会化、平台开放化、管理创新化" 的发展目标。秉承传统、创新发展，不断提高科技自主创新能力。努力将研究所建设成为服务于政府、服务于公益事业，具有鲜明特色和创新优势的自然资源与生态环境研究中心，为区域资源、环境与公益事业发展作出重要贡献。
