荒漠与绿洲生态国家重点实验室以中国科学院为主管单位，以中国科学院新疆生态与地理研究所为依托单位。2011年4月批准立项，成为新疆维吾尔自治区获准立项的首个国家重点实验室。实验室围绕国家西部大开发经济社会发展和生态建设需要，重点开展干旱区水资源利用与生态水文过程、绿洲生态过程与可持续管理、荒漠生态过程与荒漠化防治以及山地—绿洲—荒漠生态系统过程与区域综合模拟等方面研究，为解决国家新一轮西部大开发特别是新疆实现跨越式发展面临的资源可持续利用、生态可持续管理以及区域可持续发展中的重大科学与技术问题作出贡献。
具体研究内容如下：
1)荒漠生态过程与荒漠化防治：①荒漠植物生态过程及适应性;②荒漠绿洲过渡带物质迁移;③荒漠化过程与防治原理。
2)绿洲生态过程与可持续管理：①绿洲演变过程及生态安全;②绿洲生态过程与调控;③绿洲农业可持续管理。
3)生态水文过程与水资源利用：①水循环过程;②生态水文过程;③水资源配置与调控。
4)山地-绿洲-荒漠生态系统过程与区域综合模拟：①山地-绿洲-荒漠生态系统多尺度监测;②山地-绿洲-荒漠生态系统相互作用机制;③区域综合集成与模拟。
实验室围绕干旱区山地–绿洲–荒漠三大生态系统的关键科学问题，开展了一系列研究与探索，获得许多重要成果，仅2006-2010年5年间，发表论文613篇，其中SCI论文205篇，出版专著12部，申报国家发明专利23项，授权7项，获批软件著作权55项。论文被SCI期刊引用417次，引用涉及期刊达151种，特别是被 Science和Nature杂志专题报道和引用。成果获国家和省部级成果奖12项。其中，获国家科技进步二等奖5项，省部级一等奖7项;新疆科技进步特等奖2项(两年一度新疆最高奖);何梁何利基金奖2项。在国际干旱区研究领域已占有一席之地。中国科学院2009年重点实验室评估中，在资源与环境地表过程领域排名第一。干旱区研究成果在国内处于领先水平，在国际上也产生了重要影响。
争取并承担了一批有显示度的国家级科研任务，其中包括2项国家973项目。2006–2010年间，实验室承担科研任务237项，经费25403.2万元，到位经费18540万元。在承担的项目中，以国家级项目为主体，共89项，经费13519万元。
实验室在职称结构上以高级职称为主。其中，研究员28人(包括2名教授级高工)，副研究员和高级工程师25人;在学历结构上以高学历为主。其中，有博士学位者55人，博士生导师22名;在年龄结构上，以中青年为主。其中，45岁以下占87%，是一批活跃在一线的中青年学者。
实验室现有科研用房面积4450平方米。其中，办公室用房面积2700平方米，中心实验室面积1200平方米，遥感与GIS数据分析处理室550平方米。盈丰国际中心实验室由植物生理生态实验室、系统基因组学实验室、稳定同位素分析实验室、土壤理化与水化学实验室、环境污染与生态修复实验室、环境微生物实验室、水循环与水利用实验室等七个专业实验室组成。
