云南大学国际河流与生态安全研究院(原云南大学自然科学研究院)源于2000年10月由何大明研究员创立的云南大学亚洲国际河流中心，经过其带领的科研团队十余年的辛勤耕耘逐步发展壮大，并于2012 年6月在云南大学喜庆九十华诞之际正式成立。
研究院由一个中心(云南大学亚洲国际河流中心)，一个平台(云南省国际河流与跨境生态安全重点实验室)，以及五个研究室(跨境水资源研究室、山地气候与流域地表过程研究室、河流地貌与泥沙研究室、水域生态与河流健康研究室、区域环境与生态安全研究室)组成，以建设国家级重点学科和创新团队为主旨、承担国家及省部级重大/重点科研项目为主体、推进知识和科技创新的研究型学院为发展方向，设置三个总体建设目标：建设面向全校的共享科学研究平台和研究生创新平台，促进学校的资源优化和科技创新;凝练国家创新团队，推进大学科建设和交叉，增强学校在国家和国际上的竞争力;承担国家及省部级重大/重点科研项目，提高学校对社会经济发展和生态建设重大目标需求的贡献。
研究院团队核心成员经过长期研究积累，确立了以我国西南与东南亚、南亚的国际河流为研究主体，重点开展跨境资源环境领域的基础研究和应用基础研究的总体思路，并形成了以国际河流与高原山地环境研究为主体的水文过程与跨境影响、水域生态功能与河流健康、地缘合作与跨境生态安全、陆疆环境监测评价与生态修复等四个特色研究方向。
